Do những cống hiến cho khoa học, Morgan được nhận Giải Nobel vào năm 1933. Tên tuổi của ông đi liền với tên tuổi của Mendel, những người mở đầu cho di truyền học.

Tên của Morgan được đặt cho đơn vị đo khoảng cách tương đối giữa các gene dưa trên tần số hoán vị gene. 1% hoán vị gene tương ứng với 1 cM (đọc là centimorgan).